Igual que succeeix amb altres malalties hematològiques, en el tractament de l'aplàsia medul·lar adquirida es combina un tractament dirigit i un tractament de suport.

- Tractament de suport: L'objectiu d'aquestes mesures és millorar inicialment els símptomes del pacient. Per millorar les manifestacions derivades de l'anèmia, el pacient rebrà transfusions de glòbuls vermells. Si hi ha sagnat secundari a la falta de plaquetes, s'haurà de dur a terme una transfusió de plaquetes. En cas que hi hagi febre, serà necessari administrar antibiòtics i, atès que aquests pacients tenen les defenses baixes, s'han d’utilitzar sempre les mesures d'higiene necessàries per evitar que contreguin altres infeccions.

Els pacients amb una aplàsia no greu poden estar pràcticament asimptomàtics i no necessitar aquestes mesures de suport.

- Tractament dirigit: En els casos en què s'hagi identificat la causa de l'aplàsia medul·lar, el principal tractament consisteix en suprimir l'agent causant. En ocasions s'utilitzen andrògens (hormones masculines) per corregir l'aplàsia, però cal tenir en compte que aquests fàrmacs poden tenir notables efectes secundaris i són més eficaços en aquelles aplàsies associades a defectes en proteïnes que mantenen estable la mida dels cromosomes ( telomerases).

Com hem comentat al principi, l'AM adquirida es presenta secundària a un mecanisme autoimmune de manera que els pacients són tractats amb fàrmacs immunosupressors associats en ocasions a un trasplantament de cèl·lules mare.

Els pacients amb una aplàsia menys greu han de ser tractats amb un agent immunodepressor denominat ciclosporina A al que en ocasions s'associen globulina antitimocítica (més coneguda com ATG) i factors estimulants de l'hemopoesi (com el G-CSF). Amb aquest tractament es resoldrà el quadre en el 50-60% dels pacients, si bé en un terç dels casos l'aplàsia pot reaparèixer al cap d'un temps sent necessari administrar un nou cicle de l'esmentat tractament.

El tractament d'elecció de les aplàsies medul·lars greus i molt greus en pacients de menys de 40 anys és el trasplantament de medul·la òssia de germà o donant no emparentat histocompatible (HLA idèntic). Amb aquesta mesura s'aconsegueix la curació de fins al 90% dels pacients.

En els malalts de major edat, o en aquells que no disposin de donant HLA compatible, el tractament es basarà en l'administració de globulina antitimocítica (ATG) associada a ciclosporina A. Aquests fàrmacs resolen l'aplàsia en el 50-70% dels casos , si bé un terç dels pacients recauran un temps després i les respostes obtingudes majoritàriament són parcials (l'hemograma no es normalitza). Tot i que encara està pendent d'autorització per part de les agències sanitàries, un estudi recent ha observat que l'addició d'un fàrmac estimulant de l'hematopoesi (eltrombopag) a l'inici de tractament amb ATG i ciclosporina A augmenta el nombre de respostes globals i completes. Les pitjors respostes es produeixen fonamentalment en pacients majors de 40 anys i amb aplàsia medul·lar molt greu.

En el cas que el pacient recaigui o no respongui al tractament inicial s’haurà de valorar l'administració d'un segon cicle de tractament immunosupressor (30% de respostes), l'administració d’eltrombopag (45-50% de respostes) o un trasplantament de medul·la òssia en cas d'existir donant compatible (familiar o no emparentat) o haploidéntico.

El pronòstic a llarg termini depèn de la severitat de l'aplàsia, l'edat del pacient, la precocitat en l'inici del tractament immunosupressor i la disponibilitat de donant compatible (familiar o no familiar). Dos terços dels pacients amb tractament immunosupressor es curen en un o dos cicles. Amb el trasplantament de medul·la òssia la probabilitat de curació oscil·la entre el 70-95% dels trasplantaments de germans compatibles i el 70-85% dels de donants no emparentats.