Al igual que ocurre con otras enfermedades hematológicas, en el tratamiento de la aplasia medular adquirida se combina un tratamiento dirigido y un tratamiento de soporte.

- Tratamiento de soporte:El objetivo de estas medidas es mejorar inicialmente los síntomas del paciente. Para mejorar las manifestaciones derivadas de la anemia, el paciente recibirá transfusiones de glóbulos rojos. Si existe sangrado secundario a la falta de plaquetas, se deberá llevar a cabo una transfusión de plaquetas. En caso de que haya fiebre, será necesario administrar antibióticos y, dado que estos pacientes tienen las defensas bajas, deberán realizarse siempre las medidas de higiene necesarias para evitar que contraigan otras infecciones.

Los pacientes con una aplasia no grave pueden estar prácticamente asintomáticos y no precisar estas medidas de apoyo.

- Tratamiento dirigido: En los casos en los que se haya identificado la causa de la aplasia medular, el principal tratamiento consiste en suprimir el agente causante. En ocasiones se utilizan andrógenos (hormonas masculinas) para corregir la aplasia, sin embargo hay que tener en cuenta que estos fármacos  pueden tener notables efectos secundarios y son más eficaces en aquellas aplasias asociadas a defectos en proteínas que mantienen estable el tamaño de los cromosomas (telomerasas). 

Como comentamos al principio, la AM adquirida se presenta secundaria a un mecanismo autoinmune por lo que los pacientes son tratados con fármacos inmunosupresores asociados en ocasiones a un trasplante de células madres.

Los pacientes con una aplasia menos grave deben ser tratados con un agente inmunodepresor denominado ciclosporina A al que en ocasiones se asocian globulina antitimocítica (más conocida como ATG) y factores estimulantes de la hematopoyesis (como el G-CSF). Con este tratamiento se resolverá el cuadro en el 50-60% de los pacientes, si bien en un tercio de los casos la aplasia puede reaparecer al cabo de un tiempo siendo necesario administrar un nuevo ciclo del mencionado tratamiento.

El tratamiento de elección de las aplasias medulares graves y muy graves en pacientes de menos de 40 años es el trasplante de médula ósea de hermano o donante no emparentado histocompatible (HLA idéntico). Con esta medida se alcanza la curación de hasta el 90% de los pacientes.

En los enfermos de mayor edad, o en aquellos que no dispongan de donante HLA compatible, el tratamiento se basará en la administración de globulina antitimocítica (ATG) asociada a ciclosporina A. Estos fármacos resuelven la aplasia en el 50-70% de los casos, si bien un tercio de los pacientes recaerán un tiempo después y las respuestas obtenidas mayoritariamente son parciales (el hemograma no se normaliza). Aunque aún está pendiente de autorización por parte de las agencias sanitarias, un estudio reciente ha observado que la adición de un fármaco estimulante de la hematopoyesis (eltrombopag) al inicio de tratamiento con ATG y ciclosporina A aumenta el número de respuestas globales y completas.  Las peores respuestas se producen fundamentalmente en pacientes mayores de 40 años y con aplasia medular muy grave. 

En el caso de que el paciente recaiga o no responda al tratamiento inicial deberá valorarse la administración de un segundo ciclo de tratamiento inmunosupresor (30% de respuestas), la administración de eltrombopag (45-50% de respuestas) o un trasplante de médula ósea en caso de existir donante compatible (familiar o no emparentado) o haploidéntico.

El pronóstico a largo plazo depende de la severidad de la aplasia, la edad del paciente, la precocidad en el inicio del tratamiento inmunosupresor y la disponibilidad de donante compatible (familiar o no familiar). Dos tercios de los pacientes con tratamiento inmunodepresor se curan en uno o dos ciclos. Con el trasplante de médula ósea la probabilidad de curación oscila entre el 70-95% de los trasplantes de hermanos compatibles y el 70-85% de los de donantes no emparentados.